El haber escogido José Vergara a Chiva como segunda residencia, según ha dado ha conocer y precisado V. Talamantes, población donde el pintor pasaría los veranos seguramente (había adquirido una casa por 215 libras) le permitió acometer la decoración pictórica de la iglesia de San Juan Bautista con intermitencias, alternando tan ambicioso encargo con otros más apremiantes.
Como otros templos de Valencia, la iglesia parroquial de Chiva inició su reforma de forma similar a otros templos valencianos, con un repertorio decorativo y de gran luminosidad espacial. Su arquitecto fue Antonio García que inició el trabajo en 1739 hasta su fallecimiento. La iglesia se concluyó en 1781, dejando patentes las huellas de las primeras directrices académicas, de nuevo, por tanto, encontramos a José Vergara en un proyecto reformista de gran peso, donde por vínculos personales, estuvo ligado en toda la decoración pictórica de la iglesia.
Escasa relevancia otorga la bibliografía histórica a este insigne conjunto, sólo Llorente habla largo y tendido de las obras de Vergara, cuantificando las obras y emitiendo también juicios estéticos en los que a parte de alabar sus cualidades técnicas de color, composición y dibujo, le señala la falta de vigorosidad y de expresividad propia de otros grandes maestros. Más importantes son los datos objetivos extraídos a su vez del Libro Parroquial, donde ofrece fechas y precios de los encargos, ayudando en definitiva a la datación y evolución de otras obras. Este conjunto pictórico es uno de los más completos. En las pechinas de la cúpula están los cuatro evangelistas San Juan, San Mateo, San Lucas y San Marcos, en la bóveda del presbiterio hay un complejo fresco alegórico de Exaltación del Cordero Místico, que se completa con una arquitectura fingida, y los santos Pedro y Pablo cuyos modelos hay que buscarlos en las pinturas de Matarana para la Iglesia del Corpus Christi de Valencia. En las puertas de acceso al transagrario están Santa Isabel y San Zacarías con una inscripción que los identifica.
En los brazos del crucero hay dos medallones con su rocalla, el que da a la sacristía San Juan Bautista identifica a Jesús como el Salvador, y el que da a la capilla de la Comunión con el Bautismo de Cristo. A los pies del templo está San Juan Bautista degollado por Salomé.
Vergara además pintó las pechinas de diferentes capillas, como las cuatro heroínas bíblicas en la actual capilla de la Virgen de los Desamparados, y los Cuatro Padres de la Iglesia de Occidente en la capilla de la Comunión. En cuanto a las primeras son especialmente llamativas ya que escapan de lo habitual. Los rostros de las mujeres son más redondeados, la tez más clara y los tocados son lujosos (plumas y lazadas), y los colores empleados son suaves como el azul, el malva y el amarillo, que contrastan con los fondos neutros del reducido espacio arquitectónico.
Los Padres de la Iglesia tienen una estética similar a de los Evangelistas, donde las figuras están entre nubes dejando vislumbrar espacios azules que se corresponden con el cielo, desgraciadamente el irregular estado de conservación, al menos las relativas a Santo Tomás y San Agustín, impide definir más concienzudamente estas obras.
En la actualidad han sido restaurados la práctica totalidad de los lienzos, que decoran el crucero, el presbiterio y la capilla del Bautismo, sin saber cual es su ubicación original. También ha sido objeto de restauración la pintura mural al fresco del altar mayor. Se sabe por lo que dice Llorente, dato que recoge Tormo, que a Vergara pertenecen las pinturas de todos los retablos, lo cual hace pensar que cada uno de los lienzos, sobre todo aquellos más grandes, serían los lienzos de los altares de cada una de las capillas, siendo totalmente arbitraria su localización actual.
Como se ha dicho en la introducción sobre el templo existe una variación en la datación según las fuentes documentales consultadas. Llorente tras la consulta del Libro parroquial dice que las pinturas de los evangelistas se realizaron en 1769 por 80 libras, dato que recoge Tormo. Mora Yuste varía las fechas, basándose en una serie de Libros de Juntas, nunca localizados, en los que el 18 de mayo de 1773 los dos pintores (José Antonio de Palomino y Francisco Miguel de Vergara junto a cuatro oficiales) presentan a la Junta de Fábrica los dibujos para la bóveda del altar mayor, y se ofrecen a realizar las pinturas de las pechinas. Los escasos cuatro años de diferencia entre una y otra datación no sería de relevancia si no fuera porque ambos dicen haber consultado unas fuentes documentales de primera mano. Sin embargo, los nombres de los autores que ofrece Mora Yuste son tan disparatados que hace cuestionar el resto de datos, lo cual nos aproxima más a la datación de Llorente, apoyada por un estilo pictórico en estas pechinas en consonancia con una primera época caracterizada básicamente en la solidez de las figuras y en un menor amaneramiento de las figuras, dado posiblemente por la escasez de repetición de los modelos.
El resto de encargos también oscila de precios y fechas, mientras que Llorente propone una sucesión de encargos, en 1769 las pechinas por 80 libras, en 1784-1787 la gloria de la capilla mayor por 650 libras, y en 1790 el lienzo del altar mayor por 100 libras. Mora Yuste propone un gran encargo conjunto que se haría entre los años 1773 y 1776 por un precio de 9.500 libras, una cantidad un tanto desorbitada, si se compara con otros encargos de Vergara, y de difícil asimilación por una parroquia de pueblo.